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政府工程普遍存在投资超支的严重问题，深圳也不例外。分析起来有几方面的原因：①地方政府或企业为争取中央、省部立项批准，隐瞒实际投资，项目立项批准开工后，再调增投资，造成一种投资增加的假象；②因设计不详而造成设计变更的增加投资；③施工管理不严造成投资加大；④工期延长和物价上涨都将引起投资加大；⑤估算不准。这种情况与第一种有意少报少算的情况相反。有些工程由于规模大、范围广、工期长，加上技术难度大、审批手续长、不确定因素多，估算时确实难度很大。另外，业主在立项批准后结构性地改变设计方案和施工工艺要求会造成投资的剧变，有可能增大投资；⑥突发性事件的影响。如地震、水灾、爆炸甚至政局变动、政策变动和战争等因素引起。
从这些引起投资增大的原因看，大型工程的投资控制确实是一件错综复杂的事情。
控制大型公用工程投资，单从某一点入手去管理，解决不了问题的根本，应采取系统方法，从各个方面齐抓共管才能行之有效。
(二)关于施工招投标方法问题
深圳在经济特区创立之初，就引入工程招标的方法。在国内，深圳是第一个在计划经济之后首先采用市场经济的方法来确定施工队伍的城市。建设工程项目采取招投标的方法的优点在于，可为国家或集体节省大量资金，降低工程的造价；抑制政府官员借工程发包之机中饱私囊。
十几年来，深圳市政府先后几次颁布有关工程招标的规定，如1985年颁布《深圳建设工程招标投标暂行办法》，1986年颁布上述《办法》的补充规定，1989年颁布《关于深圳市建设工程招标若干问题的规定》(注：上述三项规定目前已废止)，1993年通过深圳市人大立法正式颁布《深圳经济特区建设工程施工招标投标条例》，1997年颁布了《条例》的实施细则。
这些条例或规定的制定和颁布，记载着市政府十几年来在工程招标管理方面所做的工作和取得的成绩。归纳起来，实施细则中规定了三种评标方法，即分段评标法、合理低价中标法和评审法。深圳市政府在建设工程施工招投标管理方面已取得的成绩是巨大的，制定的各种评标方法在目前来讲是比较符合国情的。但与先进国家的施工招投标方法比较，我们应该从以下几方面去加强和改进：①评标方法多，相对复杂；②评分中不确定因素较多，没有完全消除人为因素的影响；③对施工单位正面的积极引导作用不大或不明显。
(三)关于依法管理工程建设行业问题
深圳市在依法治市方面走在全国的前列。作为改革开放的试点，深圳市是全国省市惟一拥有独立立法权的城市，这为法治的推广和普及提供了得天独厚的条件。
特区创办以来，特别是近五年来，深圳市政府陆续颁布了有关工程建设和建筑业管理的法规和规定，其内容涵盖了工程招投标、现场管理、质量管理、合同管理、造价控制、安全和环保、竣工验收和档案管理等，加上中央、建设部、广东省颁布的法规，已基本上包括了工程建设和建筑业管理方面的全部内容。
深圳市政府在依法管理建筑市场方面起到了强有力的带头和推动作用，发展的步伐一年比一年快，管理的力度也越来越强。从1996年开展的建设项目执法检查，重点抓施工招投标管理，1997年开展建筑质量执法检查，1997年5月颁布《深圳经济特区建设工程施工招标投标条例》实施细则等，都反映出市政府主管部门在加强执法力度、提高法规的可操作性方面有很大的提高。
好的政策法规的推广，仅仅依靠政府主管部门去抓是远远不够的，需要全社会的响应和自觉执行。如何使规章制度发挥其真正的作用，达到预想的效果，这是依法管理工程建设中的主要问题。深圳要进一步推广法制，做到政府依法行政、企业依法经营、市场依法运作，要解决好执法的动力问题、社会大环境和社会监督问题。
(四)关于大型项目建设资金筹措方式问题
融资对建设项目是最重要的一个环节，再好的项目没有资金开发就永远只是一种设想。深圳经济特区是中国改革开放的试点，为筹措大型工程建设资金而试验过各种方式，可谓是广开各种渠道融资搞建设。将其归纳起来主要有以下几大类：
1.政府资金
政府投资建设工程项目的方式可分为直接和间接两种。
(1)直接投入资金。各级政府对建设项目的现金直接投入，对深圳市而言，其主要来源是市财政拨款。使用这些资金的项目主要是对城市发展有重大影响的大型基础工程。减、免各种应缴税款、土地使用费和利润，以免交叉投入，这些主要是大型综合性开发项目。设立专项基金，征收特种收费。由政府向特定范围的个人或企业征收特种收费，在市财政设立专门账号，专款专用。
